第二期(112-116年)計畫整體推動目標仍以發揮海洋專業特色，以教師創新教學為手段，以學生學習成效為目標，並根據本校「校務發展計畫」為核心，並且針對「教學創新精進」、「善盡社會責任」、「產學合作連結」、「提升高教公共性」及「推動校務研究」等五個面向之尚待解決問題提出改善策略方案，再以PDCA管考方式推動高教深耕計畫。為執行教育部高教深耕計畫，透過「台北海洋科技大學高教深耕計畫推動委員會」負責推動執行高教深耕計畫經費及成效管考。

　　本計畫由校長擔任計畫主持人，副校長為共同主持人，教務長為執行長，負責計畫執行。各分項計畫由教務處、學務處、研發處及秘書室分別掌握分項計畫執行，計畫執行過程中，全校行政單位配合提供行政支援，以期落實計畫之推動，培育新世代優質人才之目標。本計畫以「技職躍進、海洋永續」為題，並對準聯合國2015年訂定之17項永續發展目標（Sustainable Development Goals, SDGs），針對教學創新精進、善盡社會責任、產學合作連結、提升高教公共性及推動校務研究等五個面向規劃執行。